يستند عمل مؤسسة محمد السادس لحماية البيئة على المبادئ الستة الآتية
تلبية الحاجيات المعبر عنها من طرف الفاعلين والمناطق التي تتم مواكبتها
بناء شراكات المؤسسة على أساس الحوار المتبادل وعلاقة الثقة
اكتشاف وطرح موضوعات جديدة ومبتكرة لدى الفاعلين المحليين بمناطق التدخل
اعتماد ثقافة الواقعية والنجاعة والشفافية في تخصيص الموارد
التعبير عن المواقف بكل نزاهة وموضوعية
التدخل عن طريق تشجيع الممارسات المواطنة إيكولوجيا والتأكد من أن الشركاء يلتزمون بتعزيز واستدامة منهجيتهم المتعلقة بالتنمية المستدامة