La philosophie du programme Pavillon bleu est de connecter le public à son environnement et de l’encourager à en apprendre davantage. À ce titre, des activités d’éducation à l’environnement sont proposées par les plages et les informations pertinentes sur le site en termes de biodiversité, d’écosystèmes et de phénomènes environnementaux sont affichées en permanence.
Les plages se portent chaque saison candidates au label pavillon bleu bien avant la saison estivale. Un jury pluridisciplinaire attribue le label au printemps, et diligente des inspections pendant l’été pour s’assurer du respect des critères par les plages attributaires.
La Fondation a introduit le label en 2006 pour les plages et en 2016 pour les marinas. Plus d’une vingtaine de plages sont labélisées chaque année, et le premier pavillon bleu pour une marina a été attribué en 2017.